公司不按时纳税申报的后果有：
1、不按时限纳税申报，情节较轻的，除补缴税款外，税务机关将对企业会罚款，如果超期更长的，将还会加收滞纳金；
对于情节严重的，税务机关将根据情节严重程度，出于相应的更高金额的罚款。
2、连续3个月不到税务登记机关纳税申报的，税务登记机关将对该企业的税务登记证给于注销的处理。
3、公司所有股东的身份证信息将被相关登记机关收录，进入黑名单。对以后的贷款、再次投资创业、出国等都将受到影响
【法律依据】根据《税收征管法》第二十五条：纳税人、扣缴义务人按照法律、行政法规或者税务机关依照法律、行政法规的确定的期限，缴纳或者解缴税款。
1、国债和国家发行的金融债券利息；2、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；3、福利费、抚恤金、救济金；4、保险赔款；5、军人的转业费、复员费、退役金。
一)用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、接受加工修理修配劳务或者应税服务。(二)非正常损失的购进货物及相关的加工修理修配劳务和交通运输业服务。
一般来说，普通发票是不可以抵扣掉进项税额的，只有增值税专用发票可以抵扣，但是有一些特殊的普通发票，如收购农产品普通发票，运费普通发票是可以抵扣进项税额的。
企业增资，要按照万分之五的比例缴纳印花税。增资流程：要有董事会决议，各股东要同比例增资，增资款打到验资户，会计事务所出验资报告，工商登记变更完成。印花税的说明：印花税的纳税期限是在印花税应税凭证书立、领受时贴花完税的。
有参保当地的户口，就能以灵活就业人员的身份，缴纳职工医保和职工养老，享受跟公司在职员工一样的社保待遇。
